1、 在调整定价制度，将税负由营业税转为增值税后，部分物流企业出现整体税负不降反升的现象。造成这种情况的主要原因是运输服务业税率大幅提高，而企业实际可抵扣项目较少。为了应对暂时性的税负增加，物流企业可以考虑调整定价策略，相应提高物流服务价格，将增加的增值税税负转嫁给下游企业。对于下游企业，如果也是增值税一般纳税人，可以扣除试点服务采购产生的进项税额，相应降低实际采购成本。由此可以看出，双方都可以受益于原定价体系的调整，可以说是“一举两得”。
2、 “营改增”后，部分物流企业的销项税和进项税都有所提高，这将使增值税负担加重。在这种情况下，作为小规模纳税人，征收率为3%。虽然进项税不能抵扣，但总体增值税负担相对较低。因此，在物流业试点中中年销售额在500万元以上但规模不大的普通纳税人，可以考虑通过分立公司等方式改变增值税纳税人身份，在一定程度上减轻增值税负担。
3、 不同性质的收入型物流企业往往从事多种经营，不同经营方式的增值税税率不同。例如，提供运输服务的运输收入，按“运输业”按11%的税率征收增值税，运输货物的仓储、装卸、装卸等环节，按“现代服务业部分”按6%的税率征收增值税。根据《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的规定》（财税〔2013〕37号文附件2），试点纳税人有不同税率或征收率的货物或应税劳务的，不同税率或者不同税率的货物或者应税劳务的销售额，应当分别计算；不单独计算销售额的，应当按照较高的适用税率计算。因此，试点物流企业同时经营不同税率的应税货物或服务时，应尽量分别核算不同性质的收入，避免高适用税率纳税。
4、 由于季节性工作量的差异，物流企业往往在淡季出租闲置的机器设备。根据《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点》（财税〔2013〕37号文附件一）的规定，租赁有形动产增值税率为17%，而装卸服务业是现代服务业的一部分，税率为6%。因此，试点物流企业可以考虑修改租赁合同，将设备租赁改为异地装修工作，从而适用较低的增值税税率，减轻企业的增值税负担。